El Colegio de Aplicación San Marcos fue creado el 24 de febrero de 1961 y su inauguración data del 12 de abril del mismo año. En ese tiempo, el Rector de nuestra universidad era el Dr. José León Barandiarán y el Decano de la Facultad de Educación, el Dr. Emilio Barrantes Revoredo. Asimismo, el Presidente de la Comisión de Colegios era el Dr. Manuel Argüelles Elguera y el primer director del flamante colegio, que funcionaba en Cápac Yupanqui 1700 (Lince, fue Arístides Heredia Meiggs.
Según R.M. Nº 19813 del 4 de octubre de 1961 y R.M. Nº 22618, se reconoce su funcionamiento y exceptúa al colegio del sistema general de recepcionar los exámenes promocionales, con lo que se permite que su propio cuerpo docente proceda a tomar tales exámenes.
Inicialmente era sólo de varones con aulas para la sección diurna y nocturna. Posteriormente se amplió el servicio educativo a varones y mujeres. En la sección nocturna se implementó el sistema semestral, por acuerdo del Comité Directivo del Departamento Académico de Educación de fecha 26 de febrero, para 5º y 6º grados. Posteriormente con Resolución Rectoral Nº 99241, se amplía la cobertura de semestralización escolarizada para los grados de 1º, 2º y 3º de secundaria, a partir de 1989.
Actualmente el Colegio continúa brindando educación secundaria de menores en la sección diurna y de jóvenes y adultos en la sección nocturna. Esta última bajo el régimen semestralizado escolarizado.
Si bien es cierto que en la sesión del Consejo de Facultad que aprueba la creación del Colegio de Aplicación se establece que debe tener autonomía pedagógica y administrativa, la Resolución Ministerial que reconoce su funcionamiento no precisa el estatus legal del mismo.
Por esta razón, la Dirección solicitó a la Unidad de Servicios Educativos Nº 03 que se subsane este vacío, la misma que el 6 de marzo de 2002 emitió la Resolución Directoral Nº USE 03 Nº 1127, donde se señala que el Colegio de Aplicación San Marcos es un colegio de gestión estatal que depende administrativa y financieramente de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y no del Ministerio de Educación, aclarando así el marco legal e institucional del Colegio.
